Uno de los monasterios con mayor antigüedad y que todavía sigue en pie, es el de San Francisco, en la Plaza de Bejanque. Fue la Reina Doña Berenguer  “Señora de Guadalajara”, la que ordenó la construcción de un Monasterio en el año 1200 para los Monjes y Caballeros de la Orden de los Templarios. Cuando esta orden religiosa se disolvió el Monasterio pasó a manos de la Orden de Los Franciscanos, por orden de la Reina Isabel en el año 1330.

El mayor esplendor del Monasterio se produjo con el asentamiento de la familia de Los Mendoza en Guadalajara, a finales del siglo XIV; en concreto fue Pedro González de Mendoza “ El Gran Cardenal”, quien construyó la nave mayor de la iglesia, con un Altar Mayor y cinco Capillas, a ambos lados de la nave. Igualmente se construyó la Cripta, en donde se albergó el Panteón de los Duques del Infantado.

La peor época del  Centro Religioso llegó con la ocupación de las Tropas Francesas en junio del año 1808 cuando obligaron a huir a los Monjes que se encontraron en el interior del Convento y destruyeron la biblioteca, la Iglesia y profanaron el Panteón del Infantado, creyendo que en su interior había joyas y objetos de gran valor. Una vez que terminó la Guerra de la Independencia y ante el temor de que las Tropas Carlistas, en su camino hacía Madrid, pasasen por el Monasterio de San Francisco, se utilizaron las piedras de la antigua iglesia de San Ginés como barrera defensiva del templo y es por ello que pasó a denominarse “ Fuerte de San Francisco”; Curiosamente el ejército Carlista bordeó a Guadalajara y no invadió el Monasterio. 

El 10 de marzo del año 1846 el Taller de Practicas de Ingenieros Militares se instaló en este Monasterio y permaneció en el mismo hasta que el Ministerio de Defensa acordó ceder las instalaciones al Ayuntamiento de Guadalajara y a la Junta de Comunidades de Castilla- La Mancha, en fechas ya muy recientes.