Este peculiar espacio natural está protegido por la Red Natura 2000 bajo la figura de LIC y ZEPA “Valle y Salinas del Salado”, y declarado actualmente ZEC (Zona de Especial Conservación). Sin olvidar que también se encuentran en el mismo territorio dos microrreservas de la red de espacios naturales protegidos de Castilla la Mancha.

Se trata de un lugar de confluencia entre el Sistema Central y los páramos ibéricos, circunstancia esta que le otorga una gran diversidad de hábitats a un espacio tan peculiar como este. Entre los ecosistemas que se pueden encontrar están los roquedos calizos, rebollares, encinares, humedales salinos, formaciones vegetales halófilas, y otros de menor entidad, pero no por ello menos interesantes.

Dentro de este vasto territorio algunos municipios están incluidos en este espacio protegido como son: Alcolea de las Peñas, Angón, Cincovillas, Huérmeces del Cerro, La Olmeda de Jadraque, Paredes de Sigüenza, Riofrío del Llano, Sigüenza, Tordelrábano, Valdelcubo y Viana de Jadraque.

En sus roquedos al llegar al pueblo de Santamera se pueden observar una comunidad de aves rupícola muy bien representada con alimoche (Neophron percnopterus), buitre leonado (Gyps fulvus), halcón peregrino (Falco peregrinus) y águila real (Aquila chrysaetos), entre las de mayor tamaño, y collalba negra (Oenanthe leucura) y roquero solitario (Monticola solitarius) como dignos representantes de las especies de paseriformes.

Los mamíferos también ocupan un papel principal en los diferentes ecosistemas que podemos encontrar, siendo de interés algunos como el gato montés (Felis silvestris), la gineta (Genetta genetta) y el tejón (Meles meles), entre otras especies que son fundamentales para que el medio natural tenga el equilibrio necesario y goce de buena salud.

También son de interés las cuevas de origen kárstico que se encuentran en la hoz del río y que albergan multitud de especies de murciélagos protegidos y de gran importancia faunística.

Si se cambia de escenario, en las zonas más bajas del valle se encuentran las joyas botánicas, de las comunidades halófilas de plantas que se desarrollan sobre suelos salinos, como los que encontramos por los aportes de El Salado.

Muestras de las explotaciones económicas del pasado son algunas de las salinas, como las de Imón, construidas en el siglo X y que han estado en funcionamiento hasta hace pocos años, testigo vivo de lo que fueran las prácticas económicas y productivas del pasado. Estas salinas, ahora sin funcionamiento pero en torno a las cuáles y en general al patrimonio de la sal, el eje Sigüenza-Atienza articula su candidatura a Patrimonio Mundial, tienen un alto valor ambiental, ya que sirven de lugar de descanso en sus migraciones a numerosas especies de aves limícolas y acuáticas, como por ejemplo la cigüeñuela (Himantopus himantopus) o el chorlitejo chico (Charadrius dubius), además de encontrar especies vegetales de gran interés.

Desde ADEL Sierra Norte se dan a conocer los valores naturales del territorio, divulgando el patrimonio natural y la rica biodiversidad de la Sierra Norte de Guadalajara, anteponiendo siempre el respeto y las buenas prácticas en el medio natural.